blog上でたくさんの方が情報公開しているので、かなり今更感がありますが自分なりにまとめてみたかったのでエントリーしてみました。
Papervision3DはSubverion（以下SVN）のリポジトリが用意されているので、SVNクライアントを準備します。TortoiseSVNを利用している例をみかけましたが、私はSubclipseというEclipsePluginを利用しました。（特に意味はないです）
FlexBuilderのメニュー[ヘルプ]-[ソフトウェア更新]-[検索とインストール]を開きます
新規リモートサイトで名前 Subclipse URL http://subclipse.tigris.org/update/を設定します
[ウィンドウ]-[パースペクティブ]-[その他]でSVNリポジトリー・エクスプローラーを開きます
新規リポジトリの追加でPapervision3Dのリポジトリ（http://svn1.cvsdude.com/osflash/papervision3d）を追加します
as3>trunk>srcをプロジェクトとしてチェックアウトします
as3の下にralphとtrunkそれぞれにsrcがありますが、trunkのほうを選べばよさそうです（twitter@flaで教えていただきました）
新規プロジェクト作成時にソースパスにチェックアウトした場所を追加すれば利用可能になります
自己流なのでこのやり方で正しいかはわかりませんが ；